به استناد ماده ۲۶۹ قانون آیین دادرسی کیفری در صورتی که عقیده دادستان و بازپرس بر جلب متهم به دادرسی باشد، دادستان ظرف دو روز با صدور کیفرخواست از طریق شعبه بازپرسی بلافاصله پرونده را به دادگاه صالح ارسال می کند. در هر مورد که دادستان با عقیده بازپرس مخالف باشد و بازپرس بر عقیده خود اصرار کند، پرونده برای حل اختلاف، به دادگاه صالح ارسال و طبق تصمیم دادگاه عمل می شود.
نکته قابل توجه این است که قانونگذار در رفع اختلافات بین مقام تحقیق و تعقیب غالبا دادگاهی را صالح به رسیدگی می داند که رسیدگی به اصل اتهام در صلاحیت آن است.
به عبارت دیگر، در اغلب موارد حل اختلاف بین بازپرس و دادستان با دادگاه انقلاب یا کیفری دو یا کیفری یک حوزه قضایی مربوطه صورت می گیرد؛ با این حال این مسئله در قانون آیین دادرسی کیفری با دو استثنا مواجه شده است: ۱. در موردی که حوزه قضایی محل وقوع بزه، دادگاه کیفری یک یا انقلاب وجود نداشته باشد، علی رغم اینکه موضوع اتهام در صلاحیت این دو مرجع است، محکمه کیفری دو مبادرت به حل اختلاف بین بازپرس و دادستان می نماید. ۲. در موردی که اختلاف بازپرس و دادستان مربوط به صلاحیت یا نوع جرم یا مصادیق قانونی آن باشد، صلاحیت حل اختلاف با دادگاه کیفری دو می باشد.
