عفو خصوصی به پیشنهاد رئیس قوه قضائیه و قبول مقام معظم رهبری اجرا می شود.
مطابق آئین نامه بخشودگی و عفو، اعطای عفو به تحمل بخشی از مجازات مشروط شده و یا حکم محکومیت در حال اجرا باشد.
این عفو هم در مورد تعزیرات قابل اجرا می باشد و هم در مورد حدود که البته درحدود با شرایطی که در قانون مقرر شده است
به استناد ماده ۱۱۴ ق.م.ا عفو خصوصی مجازات تکمیلی و تبعی را از بین نخواهد برد.
طبق استفتاء از مقام معظم رهبری، اگر محکومین به اجرای حد، مورد عفو خصوصی قرار بگیرند، اعمال تعزیر برای آنان به جهت جلوگیری از تبعات سوء در جامعه بلا مانع است. لذا چنانچه محکوم به حد مورد عفو خصوصی قرار بگیرد و تعزیر برای وی اعمال شود، ملاک مواعد مجازات تبعی، مجازات قانونی او که حد است می باشد، نه مجازات قضایی وی که تعزیر است.
