ماده ۱۳ آیین نامه دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت به این مسئله پرداخته است:
دادسراها و دادگاههای ویژه روحانیت در موارد ذیل صالح به رسیدگی می باشند:
الف – کلیه جرائم روحانیون
ب – کلیه اعمال خلاف شأن روحانیون
ج – کلیه اختلافات محلی مخل به امنیت عمومی در صورتی که طرف اختلاف روحانی باشد.
د – کلیه اموری که از سوی مقام معظم رهبری برای رسیدگی مأموریت داده می شود.
تبصره ۱ – در مواردی که دادسرای ویژه، رسیدگی به پرونده ای را به سایر مراجع قضائی ذی ربط واگذار نماید، مراجع مذکور موظف به رسیدگی می باشند.
تبصره ۲ – در مورد بند ج رسیدگی با همأهنگی دستگاههای ذی ربط صورت می گیرد.
تبصره ۳ – کلیه اتهامات اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام، شورای نگهبان، نمایندگان مجلس شورای اسلامی، وزراء و معاونین آن ها، معاونان و مشاوران رؤسای سه قوه، سفرا، دادستان و رئیس دیوان محاسبات، دارندگان پایه قضائی، استانداران و فرمانداران و جرائم عمومی افسران نظامی و انتظامی از درجه سرتیپ و بالاتر، و مدیران کل اطلاعات استان ها که به لحاظ روحانی بودن نامبردگان فوق پرونده آنان در دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت مطرح می گردد و نیز کلیه اتهامات نمایندگان مجلس خبرگان رهبری و ائمه جمعه در دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت تهران رسیدگی خواهد شد.
طبق ماده ۱۴ آیین نامه دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت، دعاوی حقوقی و مدنی علیه روحانیون مطابق قوانین در دادگاههای مدنی و حقوقی رسیدگی خواهد شد مگر موارد خاصی که بر حسب ضرورت رسیدگی آن «به نظر دادستان منصوب» در دادگاه ویژه اصلح باشد. در این صورت دادسراها و دادگاهها موظفند که با درخواست دادسرا و دادگاه ویژه پرونده را ارسال نمایند.
