به استناد ماده ۴۴ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز، مراجع رسیدگی به قاچاق کالا و ارز عبارتاند از:
۱. سازمانهای کاشف (در مرحله کشف و تشکیل پرونده).
۲. سازمان تعزیرات حکومتی.
۳. دادسرا و دادگاه انقلاب.
رسیدگی به موارد زیر در صلاحیت دادسرا و دادگاه انقلاب است:
قاچاق سازمانیافته.
قاچاق حرفهای.
قاچاق کالاهای ممنوع.
قاچاق کالا و ارز مستلزم حبس یا انفصال از خدمات دولتی.
سایر پروندههای قاچاق کالا و ارز، تخلف محسوب شده و رسیدگی به آنها در صلاحیت سازمان تعزیرات حکومتی است.
همچنین، اگر یک پرونده دارای متهمان متعدد باشد و رسیدگی به اتهام یکی از آنان در صلاحیت مرجع قضایی باشد، به اتهامات سایر متهمان نیز همان مرجع قضایی رسیدگی خواهد کرد.
مثال:
شخصی اقدام به قاچاق حرفهای تلفن همراه میکند. چون جرم از مصادیق قاچاق حرفهای است، رسیدگی به آن در صلاحیت دادسرا و دادگاه انقلاب است.
اما اگر شخصی مرتکب قاچاقی شود که مشمول موارد مذکور نباشد و مجازات آن صرفاً جزای نقدی باشد، رسیدگی در صلاحیت سازمان تعزیرات حکومتی خواهد بود.